A expectativa de vida ao nascer era de 75 anos em 2006,[59] e a oitava melhor posição do ranking na América do Sul de acordo com a Organização Mundial da Saúde. É o mesmo nível da Argentina. A despesa pública em saúde é de 2,6% do PIB e as despesas privadas em saúde 5,1% [60]. A mortalidade infantil era de 20 por mil nascimentos em 2005.[60] A mortalidade materna foi de 150 por 100.000 nascidos vivos em 2000.[60] O Banco Mundial ajudou o governo paraguaio para reduzir a mortalidade materna e infantil do Paraguai. O Mother and Child Basic Health Insurance Project teve como objetivo contribuir para a redução da mortalidade, aumentando a utilização de serviços selecionados de salvação de vidas incluídos no Mother and Child Basic Health Insurance Program (MCBI) por mulheres em idade fértil e crianças menores de idade seis em áreas selecionadas. Para este fim, o projeto também teve como objetivo a melhoria da qualidade e eficiência da rede de serviços de saúde dentro de determinadas áreas, além da gestão do Ministério da Saúde Pública e Bem-Estar Social (MSPBS).
Sarampo, tuberculose, infecções respiratórias agudas, disenteria, ancilostomíase e hepatite são prevalentes no Paraguai. O mal de Chagas e leishmaniose são endêmicas, e não foram registrados surtos esporádicos de dengue transmitida por mosquitos e febre amarela. Embora as taxas de mortalidade infantil ter diminuído significativamente desde a década de 1960, elas ainda são superiores aos de outros países sul-americanos. Desnutrição e serviços de saúde pública limitados, especialmente a implementação pobre dos programas de imunização, levaram milhares de mortes preveníveis, particularmente nas zonas rurais, onde a saúde dos moradores é geralmente pior do que suas contrapartes urbanas. Em 2000, cerca de quatro quintos dos paraguaios tinham acesso a água potável (de cerca de três quintos, em 1992), mas, em geral, o governo gastou menos para a assistência médica. Cerca de quatro quintos dos paraguaios não têm seguro de saúde. O Instituto de Previdência Social (IPS) é financiado por contribuições do governo, empregadores e empregados. Oferece pensões, assistência médica, e subsídios durante a doença, mas atinge apenas uma pequena percentagem dos trabalhadores assalariados.
